チャレンジモードは、テーマごとに分けられたバトルに挑戦し、自己のハイスコアの限界に挑む硬派なモードだ。
１バトルは１ステージの一発勝負で、どれもなかなかクセモノ揃い。
否が応でもチャレンジ精神を煽られる？！まずは確実にクリアを目指そう！

まずは挑戦するバトル、ＭＳとパイロットを選択する。
背景の色がアーケード版と違い、鮮やかな緑色だ。
ブリーフィング画面を見るとわかるが、チャレンジモードにはＣＰＵの僚機がつかない。つまり、コストは全て自分で使う事になるぞ。
安全にコストの低い機体で行くか、高コストの機体で一気に荒稼ぎを目指すか、考えどころだ。全てはパイロットの実力勝負！
ブリーフィング画面のステージ表記部分を見ると、上の方に「ＢＡＴＴＬＥ Ａ」とある。“バトル”が全部で何種類あるのかも気になる所だ。

いよいよゲーム開始。どのバトルでも基本的に決められた数の敵を撃破すればクリアになる。
バトルＡは１０機撃破のようだ。
味方の援護が一切無いので、どのように立ち回るか？

左上のタイマーの部分に注目。タイマーがアーケードと違い、ゼロからカウントアップされていくぞ。という事は、早くクリアする事でより多くボーナス点が貰えるという事なのか？

死闘の末、バトルクリア！リザルトへと移行する。
自己記録を更新すると、「ＮＥＷ　ＲＥＣＯＲＤ！！」の表示が。
更なる自己ベストを目指して頑張ろう！

このモードはアーケードモードのように途中からの乱入はできないが、最初からなら２人で「競争プレイ」をする事ができる。
競争プレイでは、バトル内でどちらがより高い点数を稼げるかを競う。
各バトル内で倒す敵の数は決まっているため、いかに競争相手を出し抜いて点数を稼ぐかがポイントになってくるぞ。

トドメを刺そうとしている敵を横取りして倒すというのもアリだろう。
だが、戦力ゲージは共有だ。記録更新のためにはフォローも必要！？

バトルＥは、最高コスト５９０の機体を同時に４体相手のバトルだ！
この超絶難易度のバトルをクリアしてこそ、真のエースと言えるだろう。
バトルは前後左右を完全に包囲された状態からスタートする。
降り注ぐビームの雨を切り抜けつつ、確実に敵を仕留めよ！

バトルＦは他の５つのバトルとは完全に異なった内容になっている。
「時間無制限で、自軍戦力ゲージが無くなるまでに何機撃破できるか」というサバイバル的な内容なのだ！
チャレンジのしがいのあるこのバトル、君は何機撃破できるか！？
高コストでスキを見せずに敵を薙ぎ払っていくか、低コストで慎重に行くかは君次第。勿論、２人で挑むのもアリだ。
撃破数に応じてギャラリーが開放されることも！？